ADT
El cuadro de Tarma no pudo quedar entre los dos primeros de la Región Centro (ver NOTA) y por ende quedó confinado al torneo Zonal. Este torneo fue dividido en cuatro zonas (una de ellas la Segunda División) y el ganador de cada una accedía a una liguilla cuyo dos primeros equipos obtenían el ascenso (o retorno) a Primera. Al no ganar su zona (el ganador fue Deportivo Bancos, que finalmente no ascendió), ADT debió pegar la vuelta a la Copa Perú: ya reubicado en la Etapa Regional, estuvo a punto de llegar a la Finalisima de 1993, pero perdió el partido definitorio ante Mariano Santos.
En los años subsiguientes, el elenco celeste siempre se quedó en el camino, incluso sin llegar siquiera a una Regional y siendo opacado por equipos como Hidro de La Oroya y hasta su clásico rival Sport Dos de Mayo. En 2007 fue superado por Sport Águila en instancias decisivas de la Departamental, y al año siguiente la campaña llegó a su fin apenas en la Etapa Provincial. En 2010 las cosas pintaron mucho mejor: tras conseguir el título regional, eliminó sucesivamente a los iqueños Joe Gutiérrez y Sport Victoria y en semifinales se topó con Alianza Unicachi. El cuadro de Yunguyo clasificó a la final por diferencia de goles, ante el estupor de la hinchada taruma.
En 2011 la campaña llegó a su fin en cuartos de final de la Nacional y al año siguiente en la Regional. En la primera temporada con el nuevo formato (2015), ADT estuvo a un paso de llegar a la Etapa Nacional (eliminado en semifinales de la Departamental), y lo mismo en 2016, para tener revancha en 2017, pero fue eliminado por Unión San Martín en segunda fase de la Nacional.
La última temporada "completa" de ADT fue la del 2019. Llegó a la Etapa Nacional como uno de los favoritos, pero a un paso de la Finalísima se encontró con Sport Chavelines y ahí quedó. Para 2020 le correspondía jugar desde la Departamental, pero la suspensión del torneo abortó sus planes, cuando ya tenía un plantel armado.
Alfonso Ugarte
El cuadro de Puno no pudo quedar entre los tres primeros de la Región Sur (ver NOTA) y también fue derivado al Torneo Zonal. La "Franja" puneña sí pudo ganar su Zona y así accedió a la liguilla en procura del retorno, pero se quedó a un punto de Ovación Sipesa (campeón de la Zona Norte) y Unión Huaral (campeón de Segunda), los ascendidos. Así, Ugarte tuvo que volver a la Copa Perú: tras quedar al margen en la Regional 1993, al año siguiente fue campeón departamental y regional, pero fue superado por FBC Aurora y no pudo clasificar a la Finalísima.
Con el cambio de formato de la Copa, Ugarte clasificó a la Nacional en 1998. Parecía que llegaba a la final, pero fue eliminado increíblemente por IMI FC (ganó 4-0 en Puno y perdió 5-0 en Talara). En los años siguientes los sinsabores llegaban uno tras otro, pero no hubo otro más doloroso que el de 1999. Tras vencer a Bolognesi y DEA, Alfonso Ugarte se instaló en la final ante Deportivo UPAO. Perdió 2-0 en Trujillo, goleó 4-0 en Puno y en la tercera final ganaba 2-0, pero el cuadro trujillano remontó y dio la vuelta en el estadio Nacional.
Tras librar encuentros durísimos en las siguientes temporadas con Franciscano San Román (en la Departamental y Regional), que más de una vez terminaron en violencia, en 2005 Alfonso Ugarte quedó a un paso de la Nacional: fue eliminado por su clásico rival (de la ciudad) Unión Carolina. En las dos temporadas siguientes participó, sin éxito, en la Segunda División y en 2008 volvió a Copa Perú a partir de la Etapa Regional, instancia que no superó.
Para 2012 Ugarte se llenó de jugadores de recorrido profesional y anduvo a paso firme desde la hoy desaparecida Liga Superior de Puno. En la Nacional eliminó a Sportivo Huracán, Credicoop (Tacna) y Sport Victoria hasta llegar a la final con UTC, la que perdió en el global (2-0 en Cajamarca y 3-2 en Puno), pero ascendió a la Segunda División, torneo en el que participó dos temporadas. En 2015, de regreso en Copa Perú, el cuadro ugartino solo llegó a primera fase de la Nacional y al año siguiente no tuvo participación.
Alfonso Ugarte tuvo que volver a la Liga Distrital de Puno. En las tres temporadas siguientes llegó siempre a la Nacional: en 2017 fue eliminado por José María Arguedas, en 2018 lo dejó afuera Alianza Universidad (ambos en octavos de final) y en 2019 había eliminado en segunda fase a Comerciantes FC, pero fue descalificado por sus deudas pasadas. La suspensión de la Copa Perú 2020 se produjo cuando jugaba en su liga de origen.
NOTA: Los dos primeros de la Región Centro (León y Unión Minas), y los dos primeros de la Sur (FBC Melgar y Cienciano) permanecieron en Primera para la temporada 1992. En el caso del Minas, se mantuvo en la categoría tras vencer a Aurora, tercero de la Región Sur.