Estos equipos fueron protagonistas de la Copa Perú. La lista de clasificados se sigue llenando, pero estos no entrarán, por lo que, al haber jugado todos en su momento en Primera División, tendrán que esperar más para tentar un posible retorno.
Sport Áncash FC
El cuadro de Huaraz, campeón del torneo 2004 (como Sport Áncash) y protagonista luego de su regreso a Copa Perú, fue el primero de la lista entre los que dijeron no. Según el comunicado emitido, el club auriverde lamentó no poder contar con el apoyo de su hinchada (su "capital más importante") en las tribunas y debido al costo que supone (pruebas médicas, traslados, alquiler de campos de entrenamiento...) la participación en la Copa 2021, optó por no jugar el torneo. En su última campaña, la "Amenaza Verde" llegó hasta los octavos de final de la Etapa Nacional.
San Simón
El cuadro de Moquegua, hoy reinstalado en Magdalena del Mar, también emitió un comunicado en el que confirmaba su no participación en la Copa. Aun "con convocatoria de jeques árabes de por medio" (el CM lo volvió a hacer), el campeón 2013 no pudo cumplir con los requisitos para participar, pero ya está trabajando de cara al futuro: se iniciaron los entrenamientos de sus divisiones menores. En su última campaña (2019), San Simón no pasó de la Etapa Distrital.
León de Huánuco
El campeón 1980 y 2009 ya se preparaba para jugar la Copa, pero "la aparición de una nueva deuda de la gestión anterior" derivó en la no participación del cuadro crema. La suma -según comunicado del club- supera el millón de soles a favor de la FPF y la dirigencia se dispuso a fraccionarla. Aunque este año no jugará, el técnico Roberto Tristán y el plantel de jugadores se mantendrán para el 2022. En la temporada 2019, León también se despidió en la Etapa Distrital.
Walter Ormeño
El club de Imperial no ha emitido un pronunciamiento oficial, pero su no participación en la Copa se infiere a partir de la ausencia de equipos cañetanos (la Liga Provincial no acreditó clubes que cumplieran los requisitos mínimos) entre los nueve postulantes de Lima, según el Oficio 190-2021 de la Liga Departamental. En su última campaña completa, la "W" llegó hasta las semifinales de la Etapa Departamental 2019.
Atlético Torino
La Copa Perú 2021 no tendrá entre sus participantes al equipo más ganador de la historia del torneo. A dos días del cierre de inscripciones, el club de Talara emitió un comunicado en el que confirmaba su no presencia. Según el documento, al haber sido elegida la nueva directiva el mismo día que se publicaron las bases del torneo (21 de agosto), era "materialmente imposible" que Torino pudiera cumplir los requisitos para participar, pero deja abierta la posibilidad de volver a las canchas en 2022. El "Taladro", que no pudo jugar en la temporada 2019 debido a temas que sus actuales directivos buscarán subsanar (como la deuda con SAFAP), llegó hasta cuartos de final de la Etapa Nacional 2018.