En su periplo por la Copa Perú (2010-2012), Deportivo Municipal enfrentó a un sinfín de equipos que en la vida hubiera imaginado tener al frente. Uno de ellos fue Cultural Géminis de Comas, que vivía sus años dorados mientras Muni pasaba peripecias en el ascenso. Ediles y comeños se enfrentaron hasta tres veces, y aunque el marcador jamás se abrió en tiempo reglamentario, salieron partidos muy disputados.
Tras su lamentable descenso de Segunda División en 2009, Municipal tuvo que esperar casi un año para volver a competir a nivel oficial. El cuadro edil debía jugar la Etapa Regional ante los mejores equipos amateurs de Lima y Callao, más La Peña Sporting, también descendido de Segunda. El primer rival a vencer era Géminis, que llegaba como subcampeón departamental de Lima.
El partido se jugó el 10 de octubre del 2010 en el Manuel Bonilla de Miraflores (Géminis local) ante casi 4000 aficionados según el reporte oficial. Ediles y comeños pugnaron por abrir la cuenta en diferentes tramos del cotejo, pero ninguno pudo conseguirlo pese al tremendo ambiente generado. Finalmente Géminis avanzó a la Nacional como campeón regional y Municipal debió irse a jugar la Liga del Cercado de Lima en 2011 al quedar cuarto de seis equipos (pasaban dos).
En 2012 los caminos de Géminis y Municipal se volvieron a cruzar. Ambos superaron la primera fase de la Regional y se midieron a doble partido en busca de un cupo a la Etapa Nacional. El de ida se jugó en La Balanza el 14 de octubre. Como local, Géminis buscó el gol con más ahínco, pero Municipal se defendió y también tuvo chances. Ya en descuentos, hubo algunas escaramuzas entre jugadores de uno y otro equipo.
La revancha se jugó siete días después en el Miguel Grau del Callao. Tras 90 minutos en blanco, la llave debió definirse por penales: tras los primeros lanzamientos Géminis empezó adelante, pero Municipal mejoró la puntería, Josué Castells le atajó el remate decisivo a Jairo Joya y se convirtió en el héroe del cuadro edil, que así (4-3) clasificó a la Etapa Nacional. Además de Castells, destacaban en Municipal jugadores como Víctor Cartagena, Carlo Baldo, Edson Chacaliaza y Ray Espinoza.
La Yapa: Géminis no fue el único equipo de Comas al que Muni enfrentó oficialmente. En el Interligas 2011 Municipal jugó dos veces ante Defensor Echenique, que alineó a gran parte de los jugadores de Géminis (Freddy Barrios, Ricky Guzmán, Jesús Sayán...) del mencionado partido del 2010.